Řízení a kontrolu programu a schvalování dotací mají na starosti ministerstvo průmyslu a obchodu a agentura CzechInvest. Jejich stanovisko ČTK shání. Podle NKÚ významně chybovaly například v hodnocení projektů. "Nestanovily jasná pravidla pro to, kdy může projektový manažer dát opačné doporučení, než jaké předtím dali externí hodnotitelé," uvedl úřad. Právě projektový manažer připravuje podklady pro hodnotitelskou komisi, která na jejich základě doporučuje, zda má projekt podporu získat, či nikoli.
Další závažné chyby kontroloři našli v nastavení a fungování kontrolního systému. Ministerstvo a CzechInvest podle nich neodhalily při svých kontrolách u příjemců podpor nedostatky především v oblasti výběrových řízení, které měl kontrolní systém zachytit. NKÚ ho proto vyhodnotil jen jako částečně účinný.
Při kontrole konkrétních projektů objevili kontroloři chyby právě ve výběrových řízeních a odhalili několik případů, kdy si příjemci dotací nechali proplatit výdaje, na jejichž úhradu neměli právo. Někteří příjemci podpor také předkládali doklady, které byly v rozporu se skutečností.
Například společnosti Technistone byla podle NKÚ proplacena dotace přes 50 milionů korun na stavbu zařízení na výrobu nově vyvinutých výrobků. Firma ale v rámci jedné zakázky například nevymezila v zadávací dokumentaci dostatečně předmět zakázky a nevyloučila z výběrového řízení uchazeče, kteří nesplnili základní kvalifikační předpoklady. V rámci projektu firma také předložila čestné prohlášení o bezdlužnosti, přestože v té době měla nedoplatky u zdravotních pojišťoven.
Výtky přicházejí od Evropské komise
Společnost Ferrit zase požádala o proplacení výdajů za nákup pozemku, který s daným projektem vůbec nesouvisel, uvedl NKÚ. Společnost Elmarco pak podle úřadu koupila za dotace laminační stroj, přestože jeho nákup nebyl uveden v projektové žádosti, a naopak nekoupila jiné zařízení, které do projektové žádosti nechala dodatečně zařadit s tím, že bez něj nelze projekt dokončit. Této společnosti byly v rámci jednoho projektu rovněž proplaceny náklady na projektovou dokumentaci k budově, kterou firma nepostavila.
Výhrady k fungování programu má i Evropská komise, která do operačního programu Podnikání a inovace zaslala na roky 2007 až 2013 téměř 101 miliard korun. Do konce loňského roku bylo příjemcům proplaceno 55,6 miliardy korun. Vzhledem k tomu, že se pochybnosti EK dosud nepodařilo vyřešit, hrozí, že Česko nestihne prostředky z evropských fondů vyčerpat.
